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“국세청, 세무조사 대상 기업 평가 때 오류…120곳 부당하게 당했다”

2026.04.27 15:21

감사원, 국세청 정기 감사 보고서
‘성실도’ 점수 잘 못 매겨 대상 포함


국세청의 단순 실수로 120곳에 달하는 법인 사업자가 부당하게 세무조사 대상이 된 사실이 감사원 감사를 통해 드러났다. 각 법인 사업자가 세금을 성실 신고했는지에 따라 세무조사 대상에 오를지 결정되는데 국세청이 신고 내용과 관계 없이 평가에서 ‘0점’을 매긴 것이다.

감사원은 최근 세수 실적이 감소하는 추세에 따라 지난해 5∼6월 국세청 대상 정기감사를 실시한 결과 이같은 내용 등을 파악해 주의 11건, 통보 12건 등 총 23건의 조치를 취했다고 27일 밝혔다.

감사원에 따르면 국세청은 매년 법인사업자가 세금을 성실하게 신고했는지 ‘성실도’를 점수를 매겨, 평가 점수가 낮은 법인을 세무조사 대상으로 선정한다. 그런데 국세청은 법인 수천곳의 일부 평가항목에 대해 기본 점수(18~32점)을 주지 않고 0점으로 잘못 처리한 것으로 조사됐다. 2024~2025년 부당하게 세무조사 대상에 선정된 법인은 120곳에 달했다.

비슷한 일이 개인사업자 세무조사 대상 선정 과정에서도 벌어졌다. 각 지방청이 2022~2024년 세무조사 대상 선정지침 위반, 업무 소홀 등으로 개인사업자 64명을 부당하게 선정했고, 국세청 본청이 이를 확인 없이 그대로 인정한 것이다. 세금 탈루 혐의 정도가 큰 순서대로 조사 대상을 선정해야 하는데도 본청에서 전달 받은 대상자 명단 순으로 선정하거나, 임의로 세무조사 대상으로 고르는 등의 일이 벌어진 것으로 조사됐다.

감사원은 “국세청은 성실도 평가시 신고 성실도와 무관하거나 신고 불성실로 단정하기 어려운 항목을 포함해 납세자에게 불이익을 초래하고 있었다”며 ‘세금 신고 성실도 평가제’ 개선 방안 마련을 통보했다.

가족 간 재산 양도 과정에서 ‘편법 증여’를 했으나 국세청이 이를 걸러내지 못하고 양도 거래로 인정한 22건도 발견됐다. 총액은 817억원에 달했다. 재산을 양도받고 대가를 제대로 지급하지 않으면 증여로 추정해 세금을 걷어야 하는데, 계약금 10%만 받고 나머지는 무이자 금전소비대차로 빌려준 셈 치는 등 사실상 증여로 보이는 거래에 세금을 제대로 추징하지 않았다는 취지다.

감사원은 또 이른바 ‘사무장 병원’ 등 의료업에 명의를 빌려줌으로써 부당하게 부가세를 면제받은 이들의 명단을 제출받고도 국세청이 아무런 조치를 하지 않아 310억원을 못 걷을 우려가 있으며, 267억원은 이미 부과 기간을 놓쳤다고 지적했다.

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