사무장 병원 세금 613억 놓친 국세청… 애먼 납세자 54억 추징
2026.04.27 14:56
엉터리 성실도 평가로 기업 120곳·개인 70명 부당 조사
애먼 납세자에 54억원 거두고 수백억 편법 증여는 ‘통과’
감사원, 국세청 정기감사서 23건 지적…시스템 개선 요구
국세청이 명의 대여 불법 의료기관(사무장 병원)의 과세자료를 방치해 613억원 규모의 부가가치세 징수 기회를 놓친 것으로 확인됐다. 반면 자체 시스템 오류로 세무조사 대상이 아닌 납세자를 부당하게 선정해 54억원을 거둬들인 사실이 감사원 정기감사에서 드러났다.
27일 감사원이 공개한 ‘국세청 정기감사’ 결과에 따르면 국세청은 2020~2024년 국민건강보험공단으로부터 의료법·약사법 위반자 명단을 받아 과세자료로 축적하고도 일선 지방청에 시달하는 등 실질적인 후속 조치를 취하지 않았다. 비의료인이 명의를 빌려 개설한 불법 의료기관은 부가세 부과 대상이다.
국세청은 법원에서 유죄가 확정된 105곳을 그대로 방치하다 부과제척기간(7년)을 넘겨 267억원을 징수할 기회를 날렸다. 아직 과세 기간이 남은 64곳 역시 자료 시달이 이뤄지지 않아 310억원을 날려먹을 상황이다. 유죄 판결 전 이미 제척기간이 지난 24곳(36억원)을 더하면 누락됐거나 누락이 우려되는 부가세는 총 613억원이다.
거액의 탈세는 놓친 반면, 엉터리 행정 탓에 억울하게 세무조사를 받은 사람들도 수두룩하다. 국세청은 2023~2024년 법인 성실도 평가 과정에서 수천곳의 일부 평가항목 기본점수를 누락해 0점 처리했다. 이 실수로 불성실 신고 혐의가 없는 120곳이 부당하게 정기 세무조사 대상으로 잘못 선정됐고, 실제 조사를 받은 43곳이 기업당 8600만원씩 총 37억원을 징수당했다.
지방국세청이 본청 지침을 무시하고 임의로 대상자를 선정해 개인사업자 70명을 부당하게 세무조사 명단에 올린 사실도 밝혀졌다. 이 중 조사를 받은 67명에게 총 17억원이 추징됐다. 반대로 광주·대전·중부청은 동명이인 여부나 조사 이력을 부실하게 검토해 마땅히 조사해야 할 탈루 혐의자 5명을 명단에서 부당하게 제외했다.
가족 간 편법 증여를 걸러내지 못하는 등 세원 관리망의 허점도 밝혀졌다. 현행법상 특수관계인 간 재산을 양도하면서 대가를 명백히 지급하지 않은 경우 증여로 추정해 과세해야 한다. 그러나 국세청은 가족 간 수백억원대 부동산이나 주식을 거래하면서 계약금 10%만 받고 나머지 90%는 무이자 금전소비대차로 빌려준 것처럼 꾸민 거래 22건을 정상적인 양도 거래로 묵인했다. 통상적이고 경제적인 합리성이 없어 사실상 증여로 추정해야 하는 거래임에도 과세하지 않은 것으로, 그 규모는 817억원에 이른다.
상속·증여 과정에서 발생한 사인 간 부채의 사후관리도 부실했다. 전체 관리 대상 111만여건 중 실제 점검은 연 1% 수준에 그쳐 증여세와 상속세 등 72억원이 누락된 것으로 파악됐다.
감사원은 최근 세수 실적이 감소하는 흐름에 맞춰 지난해 5~6월 국세청을 대상으로 정기감사를 실시했다. 감사원은 국세청장에게 부가세를 부당 면제받은 의료법 위반자에 대한 추징 방안을 마련하고, 세무조사 대상 선정 시스템을 합리적으로 재정비하라는 내용을 포함해 총 23건의 지적 사항을 통보했다.
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